Tworzenie Grupy Operacyjnej powinno rozpocząć się od zgłębienia problemu, którego rozwiązania poszukujemy, skupiając się przede wszystkim na identyfikacji podmiotów lub osób, których ten problem dotyczy oraz podmiotów lub osób mogących przyczynić się do opracowania rozwiązań wdrażanych w projekcie. Bardzo ważne jest wielopodmiotowe podejście do zagadnienia, które będzie gwarantowało szeroką wymianę wiedzy oraz doświadczeń w tym zakresie, a więc zaangażowanie zarówno przedstawicieli praktyki, jak i nauki oraz doradztwa. Przy tworzeniu GO należy pamiętać, że powinna ona posiadać zdolność prawną lub w przypadku, gdy nie posiada zdolności prawnej, działać na podstawie umowy zawartej w formie pisemnej (np. umowa spółki cywilnej lub umowa konsorcjum).
W dokumencie powołującym Grupę należy zawrzeć co najmniej postanowienia dotyczące:
- nazwy i składu GO,
- formy organizacyjnej GO,
- celu utworzenia i zakresu działalności GO,
- sposobu podziału zadań, zaplanowanych w ramach realizacji operacji, między podmioty
wchodzące w skład Grupy Operacyjnej oraz zasady ponoszenia odpowiedzialności przez te podmioty z tytułu realizowanych zadań, sposobu podejmowania decyzji wewnątrz GO,
- zasad podziału praw nabytych w trakcie realizacji operacji i do dnia upływu 5 lat od dnia otrzymania płatności końcowej między podmioty wchodzące w skład Grupy Operacyjnej,
- zasad reprezentowania podmiotów wchodzących w skład GO.
Grupa Operacyjna ubiegająca się o przyznanie pomocy (składająca wniosek) jest zobowiązana do posiadania numeru identyfikacyjnego, nadanego w trybie ustawy z dnia 18 grudnia 2003 r. o krajowym systemie ewidencji producentów, ewidencji gospodarstw rolnych oraz ewidencji wniosków o przyznanie płatności. W przypadku gdy Grupa Operacyjna nie posiada zdolności prawnej i działa na podstawie zawartej w formie pisemnej umowy, posługuje się numerem identyfikacyjnym nadanym podmiotowi upoważnionemu do reprezentowania wszystkich podmiotów wchodzących w jej skład.